مسجد و مدرسه چهل متون دارای صحن و شبستانهای بزرگی است که طاق و تویزه های ضربی آن بصورت زیبا و متقارن بر روی 32 ستون قطور استوار گشته ، تعدد و کثرت ستونها موجب شده که این بنای مذهبی و فرهنگی در میان مردم به مسجد و مدرسه چهل ستون معروف و مشهور گشته است. مسجد و مدرسه چهل ستون که یکی از مهمترین و معرو فترین حوزه های علمیه ایران در دوره قاجار بوده توسط یکی از علمای بنام آن زمان بنام مرحوم آخوند ملا علی قارپوز آبادی ساخته شده است. طبق کتیبه ای که بر روی پیشانی ورودی بنا الصاق شده این بنای مذهبی و تاریخی به سال 1284 هجری قمری ساخته شده است.

صحن و شبستانهای بسیار فراخ این مسجد بیانکر دوران شکوفایی و رونق معنوی آن در زمانی نه چندان دور می باشد مسجد و مدرسه چهل ستون که از نوع مساجد با سبک و سیاق چهل ستونی است در نمای داخلی دارای پوشش گچ کاری شده است و محرا بش که با رسمی بندی و کاشی معقلی آرایش شده و ازاره های آن نیز مزین به کاشیهایی با طرحهای گل و بوته ( طرح گلدانی ) متاثر از مکتب کاشیکاری دوران قاجار است. بر روی بخشی از بدنه محراب کتیبه ای به خط نسخ وجود دارد که زمان مرمت مسجد یا تجدید بنای آن را در سال 1332 هجری قمری توسط امیر افشار خان و به اهتمام حاجی رجب علی زنجانی رقم خورده است. مدرسه و مسجد چهل ستون دارای قدمتی بیش از یک قرن می باشد و در زمره ابنیه ارزشمند تاریخی و مذهبی شهر زنجان می باشد. این بنا در مجمومه ثبتی بازار زنجان قرار دارد.