اجداد پدری او نیز عموماً از سلسله روحانیون بودند و جد مادری او آخوند شیخ محمد کهریزی از علمای معروف آن زمان به شمار می‌رفت.
آیت‌الله صائنی تحصیلات اولیه خود را در شهر زنجان با حضور در مدارس جدید آن زمان آغاز نمود و پس از اتمام دوره ابتدایی وارد دبیرستان گردید و در این زمان به طور همزمان تحصیلات خود را در مدرسه و حوزه ادامه داد. او موفق شد در اندک زمانی با استفاده از پدر خود و سایر اساتید حوزوی زنجان، علومی مانند ادبیات عرب، منطق، فقه، اصول و غیره را فرا گیرد. او فلسفه و فقه عالی را نیز در همانجا فرا گرفت.
آیت‌الله صائنی در سال ۱۳۲۹ به دستور پدرش جهت ادامه تحصیل وارد حوزه علمیه قم شد. مقدمات بیتوته صائنی جوان در مدرسه حجتیه فراهم شد اما جوان بودن او و عدم احراز شرایط اقامت در مدرسه موجب شد تا این اقامت با یک سال تاخیر یعنی از نیمه دوم سال ۱۳۳۰ آغاز گردد. او آن یک سال را در منزل استیجاری واقع در خیابان تهران به سر برد. او پس از ورود به مدرسه حجتیه و اقامت در حجره ۱۱۶ این مدرسه نزدیک به پانزده سال از عمر خود را وقف تحصیل و تدریس و مطالعه در حوزه علمیه نمود.
 آیت‌الله صائنی سطوح عالی تحصیلات خود را از اساتید معروف حوزه علمیه فرا گرفت. او ابتدا رسائل و مکاسب شیخ انصاری و کفایه الاصول آخوند را نزد آیت‌الله مجاهدی، درس خارج و فقه و اصول را نزد آیت‌الله سلطانی و شیخ عبدالجواد اصفهانی، جلد دوم کفایه درس خارج را نزد آیت‌الله خمینی وعمده درس خارج را از آیت‌الله محقق داماد که از مدرسین معروف حوزهٔ علمیه بود فراگرفت. علاوه بر آن، مدتی در درس خارج آیت‌الله بروجردی نیز شرکت کرد وهیأت و ریاضیات را نزد شیخ محمد علی اردبیلی و سفر نفس اسفار را از سید ابوالحسن قزوینی فرا گرفت. او در یک دوره درس خارج عروه که علامه طباطبایی به طور خصوصی با تعداد محدودی از فراگیران در منزل درس میداد شرکت نمود و درایه، هیئت، نجوم، عمده علوم عقلی، منظومه الهیات شفاء، یک دوره کامل اسفار، و درعرفان نظری، فصوص الحکم محی الدین عربی و مصباح الانس ابن فناری را در نزد علامه طباطبایی خواند. او درعرفان عملی شاگرد علامه طباطبایی و برادر او سید حسن الهی بود. همچنین جلساتی در منزل علامه طباطبایی تشکیل میشد که دربارهٔ مسائل فلسفی و اعتقادی بود و اداره آنها از نظر تعیین وقت بر عهده آیت‌الله صائنی بود که نتیجه آن جلسات کتابهای روش رئالیسم و کتاب بدایه الحکمه و نهایه الحکمه، اثر علامه طباطبایی گردید. او در قم به کار تدریس نیز مشغول شد و اولین جلسهٔ جامعه مدرسین قم در حجره او تشکیل شد. آیت‌الله صائنی در علوم غریبیه نیز مطالعاتی داشته و از صاحبان فن آنها در زنجان و قم بهره برده است.
بازگشت به زنجان
آیت‌الله صائنی در سال ۱۳۴۴ به درخواست مردم زنجان و فتوای آیت‌الله میلانی مبنی بر ماندن در زنجان بر خلاف میل خود و آیت‌الله خمینی و علامه طباطبایی وآیت‌الله محقق داماد در زنجان اقامت گزید. او در طول این مدت چند دوره کامل تفسیر، فقه، اصول، یک دوره نهج البلاغه و یک دوره توحید صدوق را تدریس نمود. آیت‌الله صائنی در ۱۵ تیر ۱۳۷۷ در شهر زنجان درگذشت. از آثار او کتاب محبت الهی که در باره رسیدن به خدا و قطع علائق دنیوی است و همچنین شرح دعای کمیل در ۴۰ قسمت در روزنامه بهار زنجان به چاپ رسیده است.